Man kann den Schluckakt nicht nur funktionell beschreiben. Auch die Abläufe im Gehirn sind eine genauere Betrachtung wert.
Bemerkenswert ist vor allem der frühe Beginn der Hirnaktivität. Das Limbische System zeigt bereits Aktivität, sobald die Nahrungsaufnahme vorbereitet wird. Hier spielen Erfahrung, Gerüche und Geräusche eine Rolle.